党委工作部    负责党建、稳定、群团等工作

综合管理部    负责综合协调、服务保障、督查督办、人力资源和异地机构管理工作

发展改革部    负责发展改革、政策研究工作

财务审计部    负责财务管理和独资、控股企业的审计监督工作

企业管理部    负责独资、控股企业的管理和考核工作

知识产权部    负责知识产权管理和技术转让、许可工作

投资管理部    负责成果转化作价投资项目的组织实施工作

创业孵化部    负责科技创业孵化工作，培养学生创新创业实践能力